Organisasi Yayasan At-Taqwa Pamulang (YATP) diatur dalam AD/ART Yayasan dengan tujuan menjadikan tata kelola organisasi yang baik sehingga memiliki badan utama yakni:
- Badan Pembina
- Badan Pengawas
- Badan Pengurus
Badan pengurus sebagai pelaksana utama memiliki struktur guna menciptakan manfaat terbaik untuk umat, sehingga dapat digambarkan sebagai berikut:
